Baugeschichte der Kirche
Die Kirche von 1329, vermutlich ein einschiffiger Saalraum mit gewölbten gotischen Chor (wie in Filzmoos) dürfte 1444, als der Markt abbrannte, ebenfalls schwer in Mitleidenschaft gezogen worden sein. 1448 erfuhr sie eine Erweiterung, bei der das Langhaus vermutlich als zwei- oder dreischiffige Halle mit weit auseinandergezogenen Pfeilern (wie in Wagrain bzw. St. Veit) ausgebildet und ein Nordturm hinzugefügt wurde. In dieser Baugestalt verblieb die gotische Kirche, die um 1720 einen neuen Hochaltar erhielt, bis 1855.
Bereits 1854 bemühte man sich in St. Johann um die Finanzierung eines Kirchenneubaues, da das alte Gotteshaus "baufällig und für die große Seelenzahl viel zu klein sei". Am 31. Mai 1855 brach in der Nähe der Kirche St. Johann ein Feuer aus, das sich bei "bei der größten Mittagshitze unter einem bedeutenden Sturmwind...mit solcher Wucht entfesselte, dass binnen zwei bis zweieinhalb Stunden der ganze Markt samt Kirche und Annakapelle in ein Flammenmeer verwandelt waren". Unter anderem fiel auch das Pfarrarchiv diesem Brand zum Opfer. Vor dem Faktum des notwendigen Kirchenbaues bildete von Anfang an das Problem der Finanzierung die Kardinalsfrage. Nachdem im Juli das Gewölbe des Langhauses einstürzte, wurde 1856 der Abbruch der mittelalterlichen Kirche beschlossen, wobei erstmals Pläne zur neuen Pfarkirche vorgelegt wurden. Diese stammten vom Münchner Architekten Georg Schneider, den der für den Kirchenbau zuständige Domkustos Karl Stolz vermittelt hatte.
Die 1856 begonnenen Bauarbeiten waren begleitet vom stetigen Bemühen um die Baufinanzierung und Kostenminderung, etwa durch Verkürzung des ursprünglich siebenjochig geplanten dreischiffigen Langhauses um je ein Joch. Im Frühjahr 1859 bewilligte Kaiser Franz Josef I auf die Bitte von Erzbischof Maximilian Josef von Tarnoczy hin einen zinsenlosen Kredit aus den Religionsfonds in Höhe von 50.000 fl. Endlich war 1862 auch der Innenausbau soweit vollendet, dass am 26. Oktober der erste Gottesdienst gehalten werden konnte. Am 4. April begann man schließlich, nach dem von Friedrich Schmidt korrigierten Plan, mit dem Bau des Turmes. Da das Geld aus den Fonds floß, konnte man die Vollendung des Turmes kaum erwarten. Rasch wuchs der schwere steinerne Helm in die Höhe, wahrscheinlich ohne dass auf die längere Anbindungszeit des Kalkmörtels geachtet worden wäre. Außerdem verzichtete man weitgehend auf eine nötige Armierung. Als sich schließlich Sprünge im Turmmauerwerk zeigten, war das Unglück nicht mehr abzuwenden: Am 22. Juni 1871 stürzte der neu gebaute Turm ein.
Der Salzburger Architekt Josef Wessiken wurde nun mit der Planung einer Doppelturmfassade beauftragt; 1874 wurde mit dem Bau begonnen. Ende August 1876 war er fertiggestellt. Wie die früheren, hatte auch dieser Bauabschnitt, trotz einer hohen anonymen Geldspende, mit großen Finanzierungsproblermen zu kämpfen. Einer ersten provisorischen Ausstattungsphase (1878) folgte bis zur Jahrhundertwende die heutige Ausstattung im neugotischen Stil mit einem Hochaltar, zwei Seitenaltären, Orgel, Taufstein, Kirchengestühl und Beichtstühlen, einem Lourdes-Altar sowie dem spätgotischen SS. Heinrich-und -Kunigunde.Relief, eine Spende der Gräfin Galen auf Goldegg. 1898 legte der k.k. Konservator Vitus Berger eine Skizze zur Renovierung der Annakapelle vor. 1929 feierte man das Doppeljubiläum der Ersterwähnung der Kirche und des ersten Kirchenbaues. 1965 bis 1969 erfolgte eine umfassende Renovierung. 1986 entstand unter Dechant Balthasar Sieberer nach Plänen von Gernot Kulterer der neue Pfarrhof.