Die Geschichte des Ortes
Schon in der Bronzezeit war der Ort Zentrum einer Knappensiedlung (Bergwerk Einöden), ein Hügelgrab am Hubangerl beweist seine Besiedelung in der sog. Hallstattzeit, und ein Bauernhof in Urreiting gibt Kunde, dass auch die Römer (15 v. Chr bis 576 nach Chr.) hier siedelten. Zur Zeit der Stammesbildung der Bajuwaren saßen hier die (vorerst heidnischen) Alpenslaven, die um 720 und 820 einen Überfall auf die vom Hl. Rupert gegründete Maximilianszelle (heute Bischofshofen) durchführten. Herzog Theodo schenkte den Pongau der Salzburger Kirche, die seit dem frühen 8. Jh. Hier kultivierte und missionierte.
In einem Vertrag von 924 erwähnt Erzbischof Adalbert von Salzburg unseren Ort als "chirichum in Bonguue" (SUB I, Nr. 70). 1074 wird diese Kirche bereits mit dem heute noch bestehenden Patrozinium bezeichnet: "ecclesia S(ancti) Joannis" (SUB II, Nr. 140). Die älteste Kirche stand nach Dürlinger noch am "Abhang gegen die Salzach"; der Nachfolgebau wurde dann im 14. Jh. an der heutigen Stelle errichtet. Seit 1244 war St. Johann dem Domkapitel inkorporiert, seit dem 14. Jh. Filialkirche der gleichfalls dem Domkapitel angegliederten Mutterpfarre St. Veit. 1325 wird ein Pfarrvikar in St. Johann bezeugt, und 1329 erfolgte die Weihe der Kirche zu Ehren des Hl. Johannes des Täufers und des Evangelisten.
Politisch gehört das Gebiet von St. Johann zur "Grafschaft Pongau", und nach dessen Ende im 13. Jh. zum Pflegegericht Werfen. Der um 1290 bereits als Markt anerkannte Ort, der seither im Wappen den Kirchenpatron führt, erhielt 1399 einen Wochenmarkt verliehen. 1401 ging das Recht der Bestellung der Pfarrvikare an den Dompropst über.
Über die im nahen Gasteinertal beschäftigten sächsischen Bergknappen fand früh der evangelische Glaube nach St. Johann. 1525/26 kam es im Pongau - mit Ausnahme der Stadt Radstadt - zur Erhebung der Bauern und Knappen. 1526 zündeten die Truppen des Schwäbischen Bundes, die gekommen waren die Belagerung Kardinal Langs in Salzburg aufzuheben, wohl zur Strafe den Markt an. Damals präsentierte nicht der Domprobst des inzwischen säkularisierten Salzburger Domkapitels, sondern der Domdekan den jeweiligen Pfarrvikar von St. Johann. Bis zur Emigration 1731 war der Pongau das Zentrum der evangelischen Christen Salzburgs. Wurden bereits im frühen 18. Jh. lutherische Bauern angezeigt, so war 1731 dann das Schicksalsjahr der evangelischen Christen im Pongau. Nach Erlass des Emigrationspatentes wurden die protestantisch gesinnten Unangesessenen (Kechte und Mägde, Handwerker) und Angesessenen (Bauern, Bürger, Besitzende) des Landes verwiesen. Aus St. Johann emigrierten damals 2020 Menschen bei einem Gesamtseelenstand vor dem Auszug von 2540 (Chronik 208). 1812, als Salzburg bayerisch war, erhob die königliche Regierung St. Johann zum Dekanat und unterstellte ihm St. Veit, Goldegg, Großarl und Hüttschlag, wozu später noch Dienten, Bischofshofen, Mühlbach, Wagrain und Kleinarl kamen (1828 und 1850).